Episodes
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あんかけの餡が食べていると分解されてしまう問題、北米のスーパー事情、クルマで国境を超える簡単さ、おすすめの雑誌やマンガを紹介しました。Shownotes TVer かりそめ天国 月曜から夜ふかし (Wikipedia) アミラーゼ (Wikipedia) フールナイト 白雷の騎士 男子高校生の日常 BRUTAS マガジンハウス BRUTAS 危険な読書 (Amazon) dancyu 餃子の王道 (Amazon) … 巻頭で紹介されている沼津の中央亭が今でも世界最強だとおもっています。本当にあの餃子を最初に食べた時は衝撃だった。(by tadasu) POPEYE 集英社 すばる 早稲田文学 講談社 群像 … 日本にいたころsohは群像や新潮を毎月のように買って読んでいた… SFマガジン (Wikipedia) Number あの人のノートが見たい … ノートフェチにとっては本当に最高だった。Researchat.fm のノート回も一緒にどうぞ。 将棋世界 日本将棋連盟 kotoba 生命とは何か (Amazon) …Torsten Wieselの良い研究は「対」によって行われるとか、今の研究は星を繋いで星座を作るようなもの、みたいな批判やPaul Nurseの「良い研究者はいくつかの問いを投げ掛ければすぐにわかる」みたいな念能力者の言葉みたいなのがすごいよかった笑 (by tadasu) エルフェンリート (Amazon) なるたる (Amazon) のりりん (Amazon) ぼくらの (Amazon)Editorial notes みなさんはあんかけで困っていますか？(soh) あんかけがびしゃびしゃになる人がいるの本当に目からウロコです。アスパラガス尿なみにびっくり。(tadasu) 俺のアミラーゼ力が足りないというのか…？(coela)
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アガロースだけを温め続けた電子レンジ、ラボを渡り歩く長寿な実験器具、弁当箱にあった1.5mlチューブ、クリップの旬について話しました。Show notes 133. The longest self-introduction (Researchat.fm) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” 136. Silk Lord (Researchat.fm) … “生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)” アガロース … いわゆる寒天。生物実験のいろいろなものを固めるために使われる。温めて溶かすため、電子レンジが多用される。突沸注意！ アガロースを温め続けた電子レンジ by @Tamura_Lab 電気泳動 エチブロ(エチジウムブロマイド) … 電気泳動後にゲル中のDNAを染色するために用いられる。発癌性があるために取り扱いに注意が必要であり、最近は他の代替物によって置換されつつある。 サランラップ … 日本のラップは神。サランって何？余談ではあるが、wrapである。tadasuがアメリカに来た当初のノートにはrapと書かれており、それを同僚に見られて爆笑されてしまったことがある… ブロッキング … 非特異的なタンパク質への吸着を防ぐために、おこなわれる処理。スキムミルクが用いられることがある。 やかんオートクレーブ なんちゃらしん … カナマイシン、ネオマイシン、ナタマイシン、などなど。クロちゃんではない。 PS3と軍 … 本当にそんな話あるのか？ PS4と仮想通貨 … 本当にそんな話あるのか？ 山本直樹 … a.k.a. 森山塔 or 塔山森 明日また電話するよ … 最近になって読んでめちゃくちゃよかった山本作品。後半のCl2とか呼ぶ声の路線も好きすぎる。お子様注意。 イラレじゃなくてフォトショでした… … NHKの漫勉で紹介されていました。 1.5ml チューブ CHEMEX きみはコフィアを知っているか？ コフィアに関するブログ University of California Irvine ギルソン … ピペットのメーカー Mathiew Meselson … MM Mark Ptashne … 発音多分まちがえてた。いつもわからない。 遺伝子の調節機構 … 分子遺伝学をやる人にとっての必読本。英語もとても読みやすいのでおすすめ。 Meselson’s interview by Ptashne!!! … Mark PtashneによるMeselsonのインタビュー。本当によすぎる！ Harvardの分子生物学勃興時に撮影された記念映画 … Ptashneにフォーカスした映画。若いときのWatsonやらなんやら全部出てくる。 暗黒バエ リチャード・レンスキー 白浜水族館の展示(生物学者のひみつ道具展) … 7/20まで！いそげ！ キムワイプじゃなくてVWRのLight-Duty Tissue Wipersっていう商品でした…Editorial notes 似たようなエピソードもお待ちしています (soh) 彼/彼女も科学の発展に貢献したのだよ…(tadasu) 他の分野の意外な機器たちが知りたい(coela)
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Missing episodes?
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生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)Show notes アミノ酸 リシン … ライシン、リジン。ヒストンといえば、これ。 トリプトファン グリシン ep55. Homecoming (Researchat.fm) … “クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。(過去のnakamura回-1)” ep56. Readable lab notebook (Researchat.fm) … “クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。(過去のnakamura回-2)” リン酸化 … タンパク質修飾のひとつ セリン … 名前はどこからとられたでしょうか？ スレオニン (トレオニン) チロシン … 構造タンパク質にはチロシンが重要な役割を果たしているものもある。詳しくは Benjamin et al., 2016 を参照 カイコのセリシン … カイコの絹糸はセリシンという糖タンパクの一種で覆われている。これを取り除く工程が精錬と呼ばれる工程。セリシンは化粧品にも使われる。 アスパラガス … 今の時期は旬で美味しい。アスパラギンはアスパラガスから単離された。 テラフォーマーズ … じょう…じょうじ… クモ … 糸の強さが注目され、盛んに研究されている。繊維化のメカニズムやその強さの秘密は全てが明らかになった訳ではなく、現在も盛んに研究されている。 カイコ … いわゆるシルクといえばカイコガのシルクのことを指す。最も材料として使われている構造タンパク質の一つであり、医療用材料にも使われている。国内外で盛んに研究されている。 ミノムシ … オオミノガは最近寄生バエにやられて数が減っていると言われている。ミノを持って帰ってきてハエが出てきた時の衝撃は大きい。 鱗翅目 (りんしもく) … 羽根にウロコがある人たち。鱗翅目のシルクについては Fedic et al., 2002 にまとまっています。 honeybee silk 糸腺 (しせん) … 絹糸腺のことをそう言っている。クモやカイコなど、糸を作る生物は専用の器官を持っており、絹糸腺と呼ばれる。 ザザムシ … カワゲラやトビケラの幼虫の総称。シルクで巣を作るのはトビケラの方でした。佃煮にして食べると美味しい。長野県に行くと食べられます。Amazonでも買えます。 ザザムシの糸 … 漁網みたいになっていて綺麗 (Fig. 2)。特にβシートを形成する部分の配列が特徴的 Wang et al., 2010。 昆虫食 … 近年一般的になってきた風習。タイや長野がよく知られている。東京近辺では米とサーカスが有名。 ざざむし。 … 食虫ブログといえば おかいこさま … カイコはおかいこさまと呼ばれて大切にされていた。 タナイス … 2mm 程度の甲殻類。かわいい。Kakui et al., 2021 カニムシ … 小さくてかわいい。 フィブロイン … シルクを構成する主要なタンパク質。クモ糸を構成する主要なタンパク質は Spider Fibroin で Spidroin と呼ばれる。 ダーウィンズバークスパイダー … クモ界最強との呼び声も高い。網の張り方は Gregoric et al., 2011 に詳しい。牽引糸に含まれるタンパク質も明らかになっている。 くもの喧嘩試合 … 四万十市で開催されていた。2020年から中止されていて残念。 加治木くも合戦の動画 … 完全にスマブラ ミノガとクモどっちが強いの問題 … 諸説あります。 地球防衛軍Editorial notes 歯にざざ虫が挟まってたんですよね…(nakamura) 敗北が知りたい。(tadasu) 昆虫食のレポートがんばりま〜〜〜す(coela)
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特定のRNAの発現に反応する細胞内センサーについての原著論文を紹介しました。Show notes A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs. BioRxiv 2022 … 今回紹介するプレプリントの論文。 57. All papers are created equal - Researchat.fm … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました” Ribozyme (Wikipedia) Tetrahymena Ribozyme … テトラヒメナ由来のリボザイムの反応についての解説。 Thomas Cech (Wikipedia) … “RNAが触媒的機能を持ち細胞内での反応に関与していることを初めて発見し、これをリボザイムと命名し…1989年にノーベル化学賞を受賞した” Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 A resolution. Nature 2021 … テトラヒメナの立体構造解析を行った論文。 Ribozyme-mediated repair of defective mRNA by targeted trans-splicing. Nature 1994 Raman2RNA: Live-cell label-free prediction of single-cell RNA expression profiles by Raman microscopy. BioRxiv 2021Editorial notes この分野はおそらくこの先も面白い技術が次々に出てきそうです (soh) まぁええんじゃないですか (tadasu)
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DNAを用いて迷路を探索する方法を開発した論文を紹介しました。Show notes Researchat.fmで2019年に紹介した論文まとめ Researchat.fmで2020年に紹介した論文まとめ ep122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell (Researchat.fm) … “自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。” ep123. We are still in the middle (Researchat.fm) … “数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。” ep24. Driving, Surfing, and Sciencing (Researchat.fm) … “PCR法の発明者であるKary Mullis博士追悼回。PCRの原理と初期プロトコルやKary Mullisの生涯、爆速DNAポリメラーゼ、DNAを用いたハミルトン経路問題の計算（DNA computing）について話しました。” ep7. In the golden age of molecular biology … “シドニー・ブレナー博士特集回（前半）。RNAタイクラブ、シドニー・ブレナーによる遺伝暗号解明へのアプローチ、ガモフの仮説、コドンとアミノ酸の対応関係、ファージを用いた遺伝学について、1950~60年初頭に出版された当時の原著論文を紹介し、分子生物学の黎明期における美しい実験や大胆な仮説と発見のドラマについて話しました。” ep48. XXXXXYYYYY … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。” Nature Materials Chao et al., Nature Materials (2019) … “Solving mazes with single-molecule DNA navigators” ep36. DNA-of-things (Researchat.fm) … “DNAをシリカビーズに封入し、3Dプリント可能な材料に混ぜることで、DNA入り3DオブジェクトをプリントするDNA-of-things (DoT)の技術と、DNA Storageと噴水符号化の技術について紹介しました。” ep18. WikipeDNA (Researchat.fm) … “DNAに大容量のデジタルデータを書き込む技術を開発したベンチャーとその周辺技術、シリコンバレーで巨額の投資を受けたTheranosの一連の顛末を取り上げ、バイオ系ベンチャーにおける技術開発の難しさ、格ゲーの大会の盛り上がり、おすすめの映画とマンガについて話しました。” ep16. Beyond imaging (Researchat.fm) … “DNA microscopy法という分子や細胞の位置を、分子間の近接情報のみから再構成することができる新しい方法論について、原著論文とその周辺技術を中心に詳しく話しました。” ep74. Imaging-by-Sequencing (Researchat.fm) … “ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。”Editorial notes (soh) ちょっと今回は説明が雑すぎました！もうちょい練習します！(tadasu)
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mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。Show notes maz maz式ツイートの例 Kagayaさん … リザバーコンピューティングについてお聞きしたい。maz & kagaya回お待ちしております。 biomimetics/bio-inspired design: このあたりについて全く話せなかったが、生物は人の目から見て有用な特定の指標に特化しているとは限らない（一般にはしていない）ので、模倣する（バイオミメティクス）よりもそこから何らかの設計指針や着想を得るのに使う（生物規範工学・設計）方が良いだろうというのが大まかな流れとしてある、と思う。 Soft Robotics Wyss Institute Intelligence requires a body ゆるふわ生物学さんのシャコパンチ回 ショウジョウバエのホバリング： 高速度カメラによる運動計測 Fry et al., 2003; それを基にした数値流体力学シミュレーション (computational fluid dynamics, CFD) の論文 Aono et al., 2008, および動画. ハイスピードカメラ（高速度カメラ）とフィルム 分解能と解像度： mazの私見だが「解像度 (image resolution)」は、画像や画面などについて、その実空間での物理的な寸法とは無関係に縦と横の画素数だけを指す場合と、寸法を考慮しての画素密度 (dpi, ppi) の意味との両方で使われることがあるように思う。密度や「2点を区別できる最小の距離」という方について議論したいことを明確にするためには「空間分解能 (spatial resolution)」の方が誤解を避けやすくてよいのではないかと思う。同様に時間方向の刻み幅については「時間分解能 (temporal resolution)」がある。 29:45あたり、シャッタースピードをなぜ上げたいか（露光時間をなぜ減らしたいか）の説明がないが、物体の運動を撮影するときの「ぶれ（モーションブラー）」を減らしたいから。その直後、絞りと被写界深度の話で「奥行方向に動くようなカメラ」というのは意味不明だが、動くのはもちろんカメラではなく翼。「複数台のカメラで同時に撮影したときに、画像上で翼が奥の方に動いていくように見える配置になってしまうカメラがある」という意味。 飛ばした修士の研究（の一部）は、地面や水面の近くを飛行するときに生じる「地面効果 ground effect」という空気力学的現象が研究テーマで、ホバリング中のショウジョウバエについてこれをシミュレートしたら、羽ばたきによる吹き下ろしが地面付近に高圧のエア・クッションをつくり、この上に胴体 (abdomen) が乗る、いわばホバークラフト的なことが起きていた、というもの（論文）。 マルハナバチ： ここで言っている羽ばたき周波数（1秒間の羽ばたき回数）は過大で、実際にはホバリングでは 145-165 Hz程度 (Fig. 7 in Dudley & Ellington, 1990)。 翼： 読みは「つばさ」または「よく」だが工学的には後者の読みが多い。昆虫の翼は「翅（はね）」と呼ばれる事が多い。鳥の場合、1枚1枚の feather は羽毛（うもう）または羽根（はね）と呼ばれる。 ライト兄弟が史上初の動力飛行とされる Write Flyer I を飛ばしたのは キルデビルヒルズ（複数形が正しかった）で、キティホークはその少し北にある町。 レイノルズ (Reynolds) の相似則： たとえば 日本語版 や 英語版ウィキペディア あるいは NASAのページ などを参照。 前縁渦 (leading-edge vortex, LEV) の発見: スズメガ（昆虫）： Ellington et al., 1996. 翼の長さが約1 mの拡大模型でホバリング飛行を模擬。このサイズは元にした蛾の約10倍。一方、本物の蛾は1秒間に26回羽ばたく (= 26 Hz) が、この模型は大きくしたぶんだけ 0.3 Hz とゆっくりと動かすことができた。 アマツバメ（鳥）： Videler et al., 2004. 模型（1.5倍に拡大）で滑空を模した風洞実験をし、流れを煙とレーザーシートで可視化 (= particle image velocimetry, PIV)。 コウモリ： Muijres et al., 2008. 生きたコウモリに風洞で飛んでもらい、流れをPIVで可視化。 マダラヒタキ（鳥）： Muijres et al., 2012. 生きた鳥に風洞で飛んでもらい、流れをPIVで可視化。 翼果・翅果（植物）： Lentink et al., 2009. [explanation TBD（ちょっとちゃんと読みます）] 動画 (Wired) 前縁渦じゃないけどタンポポ： Cummins et al., 2018. 動画 (Nature) 「1秒間に200回のミニ竜巻」←誤り。ハエやハチのホバリングでは、打ち下ろしで1回だけでなく打ち上げでも1回発生するため、1秒間には400回ほど生成・消滅を繰り返している。後でハチドリの羽ばたきの話をするときにもこれに言及している。なお全く話せなかったが、前縁渦以外にも空気力（くうきりょく）増大メカニズムはいくつか提唱されている（少し古いがよく参照される総説論文 Sane et al., 2003）。最近、蚊で後縁渦というのも見つかっている（Bomphrey et al., 2017、動画 (Nature)、日本語の解説記事）。 北米のハチドリ： 東側にいるのは Ruby-Throated hummingbird（ノドアカハチドリ）のようです。マイグレーション (migration) はこの文脈では「渡り」の意味。ノドアカハチドリはフロリダやメキシコへ渡って越冬する模様。 多摩動物公園： 昆虫園にかつていたチャムネエメラルドハチドリというハチドリが対象だった。長崎バイオパークにもいたらしい。ワシントン条約の関係で輸入はかなり難しいようだ。 オオスカシバ： ウィキペディア ハチドリの体重： 一般に最小とされる マメハチドリは 2 g. 最大のオオハチドリは 20 g を超えるがこれはかなり「外れ値」なようで、2番目に重い種より2倍ほども重い (Fernández et al., 2011). AVONET（大元はDunning）によるとこの2番目に重い種というのは Topaza 属 のいずれかで、12 g 程度のようだ。 体温を下げる torpor（休眠？）： 英語版ウィキペディア ハチドリの体温を測りまくってる Powers lab FLIR 「あんなちっちゃいのに（沢山の種がいる）」←小さい方が種が多いのはおそらく一般的な傾向なので、逆接は意味不明。 「キュービックルート2」←意味不明。体重が10倍違うなら体サイズ（1辺の長さ）は cube root 10 で、約 2.15 倍。「キュービックルート10だから約2倍」と言いたかったのかも。 ハチドリの飛行の論文の例：空気を「ヘリウム・酸素混合ガス」に置き換えて酸素濃度を保ったまま密度だけ低下させた際の羽ばたき運動を計測した Chai & Dudley, 1996; 広い速度域に渡る羽ばたき運動を風洞で計測した Tobalske et al., 2007; 空気力学をPIVで調べた Warrick et al., 2005;Warrick et al., 2009 など。他にも Hedrick, Lentink, Altshuler といった北米（当時）のラボを中心に沢山出ている。 mazのハチドリ運動計測論文のハイライト動画。およびシミュレーション例の動画（動画開始直後、前縁に発達する白い渦が前縁渦）。論文についての説明で「次列風切はハチドリは5枚しかない」と言っているがこれは誤り。本当はこの種では6枚ある。ただし胴体に近い一番内側の羽根 (S6) は非常に見づらく、羽軸のトレースができていない。 初列風切・次列風切： ウィキペディア。東先生の本にはそう書いてたかもしれないが、「初列が推力で次列が揚力」なんていう明確な区別があるというのは眉唾、というかそもそも推力というのは揚力を分解して出てくる成分なので…（もちろん東先生はそのことはわかっているが）。 オナガラケットハチドリ： ウィキペディア・YouTube動画。ダーウィンが来た！で取り上げられていたようだ。実際にはこれよりも少し前から別のハチドリ映像についての話が何度か来ていた気がする。補足すると、maz には高尚な理由が見えていなかったが、先生は先を見据えてハチドリ型ロボットを開発していたと思われる。この後の2011年に AeroVironment の Nano Hummingbird が発表されていることからも潮流を読めていたことがわかる。 硬骨魚綱・ニシオンデンザメ マダラヒタキ： ウィキペディア。気候変動（地球温暖化）関係でよく研究されているらしい。 スウェーデン・ルンド大学のラボ： Animal Flight Lab. 昆虫・鳥・コウモリの飛行を全部やってる。昆虫と鳥とかはチラホラあるがコウモリも含めた3グループ全部というのは非常にレアと思われる。風洞の論文があったが、7度ではなく8度傾けられるとのこと。 東昭（あずま あきら）： 研究者の名前。日本での生物飛行・遊泳の力学の草分け的存在。日本語の本も多いが内容的には少し古いため、今から読む場合は他の本も読んだほうが良い。 木から落ちる蟻： Yanoviak et al., 2005. Yanoviak による動画。さらにイシノミやクモもあり。たまにまっすぐ落下してるやつはビー玉かなんかの対照実験です。制御について、頭を振るというのは勘違いだったようで、そもそも逆さまになって腹部 (abdomen) 側へ落ちていくらしい。さらに Yanoviak et al., 2010 によると主に後脚で制御してるようです（色々な脚を remove しての比較落下試験をしている）。また、落下角度が水平から45度を境界とする（それより浅いのを gliding, 深いのを parachuting）のは確かに文献にあるようです（初出？は Oliver, 1951 らしいが読めなかった）が、そういうことよりも飛行が制御されてるかどうかで分けろや、とかなんか色々あるようです。詳しくは Moffett, 2000 などを参照。この場合 descent としているのは、このへんのゴタゴタを避けたいからんあじゃないかって気もします。滑空関係でもっとガッツリ進化と絡んだ話を読みたい人向けにはたとえば Dudley et al., 2007 の総説もあります。←書きすぎでは？？ mealworm: ゴミムシダマシの幼虫、らしい。 マニューバー（機動）： コウモリの機動の論文 Robert Wood の Harvard Microrobotics Lab: 超小型羽ばたき飛翔体の RoboBee で有名（YouTube channel, ナショジオの動画）。Wyss Institute の Associate Faculty となっている。 長崎ペンギン水族館： 世界で最多の9種のペンギンを飼育している。 ジェンツーペンギン： オレンジのクチバシと、頭の上の白い帯が特徴的。似た種がいないので見分けやすい。 GoPro: むき出しでもプール程度の水圧には耐えられるが、市販の透明な保護ケースに入れ、さらに各カメラの視野が最適になるような角度のケースを3Dプリントしておき、そこにはめ込んだ。 ペンギンの羽ばたき周波数： 4 Hz は巡航（採餌）遊泳時としては高すぎ。体サイズによって変わる（大きいほどゆったり）だが、最小の種であるリトルペンギンで3.5 Hz, 最大の種であるエンペラーペンギンで約1.5 Hz (Sato et al., 2010). ペンギンの羽ばたき運動論文： 東工大のプレスリリースがよく書けていて動画も載っている。「なん日かに分けて…4日」は間違い。論文に使ったデータを撮影したのは連続しない2日間で、初めの日に3個体、1年半後の別の日に初回の3個体に含まれていた1個体。 バイオロギング： 動物に記録計（ロガー）を付けて、位置・速度・深度などの行動情報を記録する研究手法。日本バイオロギング研究会のページを参照。狭義のロギングは記録計の回収が必要となる。最近は送信機を付けてのテレメトリも増えている模様。 菊地デイル万次郎さん・SHIOMIさん： 仲のいいバイオロギング屋さん。 レヴィフライト (Lévy flight)： 英語版ウィキペディア。採餌（餌探索）の例でざっくりいうと、一箇所にとどまってその付近で餌を探すモードと、ある程度離れた場所まで割と一直線に動くモードとの組み合わせからなるような行動。レヴィウォークとも。 「彼らのフィールドワーク」： 話のつながりがおかしいが、これは理論屋でなくバイオロギング屋さんのこと。 三代始祖：馬は専門外です。 三代始祖について話した回 Royal Veterinary College (RVC) の Structure and Motion Laboratory (SML) という研究所。主に歩行・走行の研究者が多い。飛行のPIは2名しかいないが2人ともトップレベル（仲もいい）。 Alan Wilsonの論文例： ライオン・シマウマ・チーター・インパラでした。 Oxford喋り[要出典] … Oxford周辺の方々、ご意見お待ちしております。 Imperial College of London: 自然史博物館 「Natural History Museum (NHM) London](https://www.nhm.ac.uk/) がすぐ隣にある。入場無料だしオススメ。 mechanosensor: 機械的受容体と言っているが、受容器が正しいのかも。トンボの翅上の機械センサを調べた共著論文 (Fabian et al., 2022)。 Imperial College London の Huai-Ti lab. ハエで有名な Holger Krapp. AutoDesk Fusion 360： 無料なのでよく使われるCAD. Rhinoceros 3D：有料だがかなり安い。建築や宝石分野での利用が多いが、自由曲面生成に強いサーフェスモデラー。Grasshopper というプラグインでできるビジュアルプログラミングがおすすめ。何度か言及のあった「メッシュを切る」というのは、CADで作った形状モデルを基にして、構造または流体シミュレーションのために表面や構造または流体内部に格子点（およびそれからなるセル）を作ること。 メガネウラ … 眼鏡ウラではない。メガ-ネウラ 翅脈（しみゃく）： 昆虫の翅のうち、膜じゃない骨組みの部分。英語は vein. ウィキペディアの昆虫の翅の記事も参照。 トンボの pterostigma（縁紋）： マスバランス効果を論じた論文は1992でなく1972でした。 Pterosaur（翼竜）： 翼竜の研究はしたことがないので話せることはほとんどありませんが、昔バイオメカニクス研究者が古生物学者にボロクソに言われてた話なんかはあります（ボロクソに言われていた論文 Wilkinson et al., 2005）。Editorial notes 久々に沢山話せて楽しかったです。後半、のどがかれていてちょっと聞きづらいいですね。失礼しました。残りの80%（そんなに無いと思うが）はまたいずれどこかで… (maz) 久々に2時間半超えました。やばい量のshownotesも執筆ありがとうございました。皆様にすこしでもバイオメカニクスという分野の面白さが伝わればうれしいです。今回は自己紹介だけで終わってしまったのでまた参戦していただきたいです。mazさんありがとうございました。(tadasu)
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過去2年分のお便りを紹介しました。Show notes TOKYO WARDROBE Ep21. Living in the base-21 world (Researchat.fm) … coelaが顕微鏡のワークショップに参加した感想を話す回。 Ep114. Logs of Logs (researchat.fm) … ”ブランドのカリスマ性とタトゥー/PCに貼るステッカー、大学の校章デザイン、スポーツチームのロゴデザイン、企業ロゴのデザイン、ポッドキャストのアートワークデザインについて話しました。” 東京外国語大学 … しびれる校章 横浜市鶴見区 … 区章？は鶴見区の横にあるやつっぽいです。 アメリカの救急車のマーク … “スター・オブ・ライフ（英: star of life、命の星）は「アスクレピオスの杖」を中心に青い六本の柱が突出したデザインのマーク。” NAIST Tシャツ … グツグツするTシャツ Ep10. The endgame keyboard (Researchat.fm) … “記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。” Ep66. Weaving a web of ideas (Researchat.fm) … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。” Ep57. All papers are created equal (Researchat.fm) … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。” ZEQUENZ/ジークエンス … SiO2さんにおすすめいただいたノート ユニボール ワン 0.38mm …SiO2におすすめいただいたボールペン Lily58 Pro … 自作キーボード Ep48. XXXXXYYYYY (Researchat.fm) … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。” Docker R Markdown Jupyter Notebook history researchat.book … 未だ見ぬ大作？ Ep12. Open Source Cola … “ボストンのコーヒー事情、コーヒーのこだわり、希少性の高い食品や物の価値、地球温暖化の原因、お便り機能の実装、おすすめの本紹介、書店や図書館の魅力、科学研究におけるデータ共有の難しさ、オープンソース化されたコーラの作り方などについて話しました。” Ten simple rules to improve academic work–life balance Ep70. Existing Legend … “現存する伝説の武器について話しました。” ぼおるぺん古事記 Ep17. Ghost in the half-shell … “カルビーの新ジャガイモ・ぽろしりの凄さ、個体サイズと染色体数・細胞数の関係性、バオバブバー閉店、世界の武器、象、ゲーム開発や研究における職人技について話しました。” iBiology … 最強の動画シリーズ Conversations in Genetics … 最高の動画シリーズ MITのOpen Course … あとはこれをひたすら流します。 Image CastEditorial notes 引き続きお便りお願いします！(soh) 遅くなりましたが、お便りありがとうございます。(tadasu) 頂いたメッセージへの当時の回答をメモっておこうと思いました。 (coela)
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過去2年分のお便りを紹介しました。Show notes Researchat.fm お便りフォーム … こちらからお便り受け付けております。 原腸陥入はお済みですか？ ルイス・ウォルパート「人生において最も重要なのは、誕生でも結婚でも死でもなく、原腸陥入の瞬間だ。」 V(D)J組換えはお済みですか？ アレグラ飲んで実験してるよね？ THIS WEEK IN VIROLOGY … 石原さんご紹介ありがとうございます。 TWシリーズ NEB podcast eLife podcast The Lonely Pipette : helping scientists do better science … SHIOTAさんが教えてくれた海外のresearchat.fmっぽいポッドキャスト 葬送のフリーレン 湯神くんには友達がいない … Ayaneさん、ご紹介ありがとうございました。 Artiste 防衛漫玉日記 神戸在住 76. The Chimeric RNA (Researchat.fm) … dessanがCRISPRについて説明してくれた回 79. Connecting Dots (Researchat.fm) … pomeさんがバイオスタートアップについて説明してくれた回 Zhu et al., Science Advances (2019) … “A prokaryotic-eukaryotic hybrid viral vector for delivery of large cargos of genes and proteins into human cells” たうちさん紹介ありがとうございます。おもしろい論文です。 いいねの数だけ論文を今年紹介する 2020年の論文紹介実績 2019年の論文紹介実績 登さんのブログ 登さんの情熱大陸 論理的思考の放棄 相分離 (Phase separation) LLPSに関する言及 … LLPS研究の歴史から問題点まで chromatin/DNA loop extrusion … 興味がある方はググってください。 Cytoscape Bioconductor Fiji/ImageJ Chan Zuckerberg Initiative BioPerl Biopython BioRuby 74. Imaging-by-Sequencing (Researchat.fm) … DNA origamiについての軽い言及があります。 37. Biological Enigma (Researchat.fm) … dessanによる分子生物学入門Editorial notes こう見えて懸命に答えをだそうとはしています (soh) 遅くなりましたが、お便りありがとうございます。(tadasu) ポッドキャストでの回答のペースが遅くて申し訳ないです。お便りは全て目を通させて頂います！とても励みになっております。(coela)
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研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、FFTとLoLについて話しました。Show notes #73 論文の未来を語ろう … とてもいい回なのでみなさんに聴いていただきたい。 “生命科学研究者Podcast の”researchat.fm”・”NeuroRadio” から tadasu さん、 tamaki さん、Hagiharaさんをお招きしたゲスト回。” 128. Let’s start a science podcast (Researchat.fm)) … ポッドキャストを始めることを検討している方にはぜひ聞いていただきたい。 “研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。” ファイナルファンタジータクティクス(FFT) League of Legends (LoL) League of Legends プレイヤー人口は1億人と言われている ボタン連打とポケモン 岐阜コンボ あめみやたいよう vs kazu … 獣道４ あめみやたいよう VS kazu ぷよぷよテトリス 今夜勝ちたい キャラのリメイク … 公式には VGU (Visual Gameplay Update) と呼ばれている。例 LoL のキャラ数 … 2022年時点で158キャラ。昨年の世界大会ではそのうち80キャラが使用された。 Project L … LoLの格ゲー (開発中)Editorial notes 収録から時は流れ、今はエルデの王になるために研鑽を積んでいます。クラシックRPGはいつも長距離フライトのお供にして遊んでいるので、次回海外に行く機会にこのエピソードを聴きながらFFT始めてみます! (Ryohei) このままお蔵入りかな〜と期待してましたがとうとう出てしまいますか…高速フーリエ変換に関しての熱い議論を期待していたリスナーの方々には申し訳ない限りです。25年経って、自分がいかに”持たざる者”かを痛感する毎日です。(Hagihara) FFTは本当におすすめなのでみんなにやって欲しいです。LoL観戦面白そうなのでちょっとルールを覚え始めました(coela) いろいろ書き物で死んでいたので公開までに時間がかかってしまいました。FFTもLoLもおもしろそうです。(tadasu)
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1バレルと1石、体積が大きいのはどっち？分からない疑問についてGoogle検索を使わず答えをひねり出す様子をお届けします。Show notes 115. Ramen Restaurant Serves Foie Gras (tadasu, hinakamo, and Zaikou) - Side by Side Radio #73 論文の未来を語ろう - 研エンの仲 128. Let’s start a science podcast - Researchat.fm … “研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました” 80. Guest explains everything - Researchat.fm … “pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました” フェルミ推定 (Wikipedia) Researtchat.fmお便りフォーム … お便りフォームはこちらです。ぜひ面白い問題を答えは載せずにお待ちしております。Editorial notes 定期的にやりたいです (soh) 研エンの仲さんありがとうございます。良く分から無いことにあーだこーだいう時間は楽しいですね。(coela) みなさまからの挑戦待っています。問題文だけこっそりDMください。というか山小屋じゃなくて寺子屋だろ…(tadasu)
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研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。Show notes 実験医学 2021年11月号 Vol.39 No.18 … “はじめよう！ 研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア 座談会／石黒 宗，加藤郁佳，宮脇健行” 第123回 ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力 by Soh (実験医学) 研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir)の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています。” NeuroRadio … “NeuroRadioは神経科学者のKentaM_Hagiharaとtak_miyawakiが神経科学の新着論文、研究業界、海外での研究生活等、様々な話題を語るPodcast。大西洋を越えて収録しています。” #40 神経科学者はマイクロプロセッサを理解できたのか? (研エンの仲) … 研エンの仲の論文紹介回。お二人の専門性と論文の相性が高すぎる最高のエピソード。この論文は研エンの仲のために書かれた！(嘘) #46 波瀾万丈、プログラミング言語「JavaScript」の20年史 (研エンの仲) … 激動の1995年から始まるJavaScriptの話。当時の状況もよく理解でるすばらしいエピソード。それにしても1995年濃すぎる。 #29 Podcastのしくみと歴史 (研エンの仲) … Podcastの始まりからその性質までをわかりやすく説明している回。ポッドキャストをはじめてその歴史や仕組みが気になった方にはおすすめです。 #14 リモート会議を支える技術: 速さだけじゃないネットワークの品質 (研エンの仲) researchat.fmのediting … sohとtadasuが今のところ半々ぐらいかな。coela編集回は0 #53 どこどこは岡山弁じゃけん (研エンの仲) … 「なんてろかんてろ」が飛び出した神回。こういう話したい！ってなりました。ただあんまりおもしろい方言がないのがコンプレックス(香川県民, tadasu) #65 AIにPodcastの台本を書いてもらいました (研エンの仲) … AIに台本を書かせて読んでみる回。AIが結構ちゃんとした台本を出していてびっくりします。企画力の高さが光るエピソード。 #54 理系2人暮らし9ヶ月目、リアルな家事分担事情 (研エンの仲) … 生活における最適化問題を解くプロセスの話は大好物です。#10や#6あたりも聴いていただきたい。 #48 なんで私がF1に？ (ゲスト@namicha_1) (研エンの仲) … 今までスポーツ観戦にハマることがなかったというなみちゃん氏をゲストに迎え、F1沼にはまっていく序章となるエピソード。ここから何回かに分けてそのF1沼にはまっていく様子が語られていくことになる。 #13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review (NeuroRadio) … HagiharaさんのNature 1st論文紹介回。強すぎる！我々の目標とするエピソード。 #11 Sequencing the Connectome (NeuroRadio) … Zadorのsequencingとconnectomeを繋げるという話はResearchat.fmでずっとやりたいなぁと思いつつも、話せてなかった論文群なのでとても勉強になった。 NeuroRadioさんのゲスト回 … 全部最高なんですが、今回のエピソード内に出てきたゲスト回とResearchat.fmのTwitterでコメントした回を載せておきます。 #30 Being a technologist at 10x (NeuroRadio) … 10xに研究者として就職されたSasakiさんのインタビューをMiyawakiさん単体で行ったすらばしいエピソード。 #8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1 (NeuroRadio) … MITに留学されていたOkuyamaさんのエピソード。親近感もありつつ、Okuyamaさんの戦略をしっかり聞き込めるすばらしいエピソード。 なぜ，バナナは黄色だと思うのか，思いつく事をしゃべってみろ！ … 奥山さんの留学記。tadasuは以前にこれを読んでいたので#8のエピソードには興味津々でした。 #20. A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara – Part 1 (NeuroRadio) … デンマークでPIされた後に昨年日本の遺伝研でもPIになられたYoneharaさんのエピソード。研究の進め方やラボの運営についてとても参考になる話が聞けます！ #16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato (NeuroRadio) … 研エンの仲のAyakaさんがNeuroRadioに出演した回。控えめに言って神回です。 Rebuild.fm … 日本のテック系ポッドキャストで最も有名かつ、最高峰の番組。 okaさんによるRebuildのタイトル考察 #研エンの仲 … めっちゃつぶやこうぜ！ #NeuroRadio … ツイートバンバンしようぜ NeuroRadioのマシュマロ … 発掘したからみんなでマシュマロ投げつけようぜ！ 104. Resolution of sweet bean (Researchat.fm) … つぶあんこしあんについて話し合った回 Anchor … みんなここでポッドキャスト始めよう！「Anchor はじめ方」でググってください！ 114. Logos of Logos (Researchat.fm) … ポッドキャストのアートワークについて語った回 実験医学のポッドキャスト … 実は存在していたのである。実験医学さん！ポッドキャストをはじめる機運ですよ！ RIKEN CBS presents ❝真夜中の脳科学 Brain Science ‘round midnight❞ … RIKEN CBSのポッドキャスト The OIST Podcast … OISTのポッドキャスト。これからは大学・研究所の広報の一環としてポッドキャストが重要視されるはず！ 100. Researchat.fm (Researchat.fm) … Researchat.fmの命名問題についてはこちらをお聴きください。 Misreading Chat Ryohei Yasuda … tadasuが神の如く尊敬する研究者。実はtadasuの高校の先輩。 働き者のラボ … なお萩原の今ボスは安田さんのポスドク時代のボスと同一人物で、こんな感じらしい笑 (h) 吾輩は科学者である … Ryohei Yasudaさんのポスドク時代からPIになるまでの記録が記されている伝説のサイト。 グラントの書き方 … Ryohei Yasudaさんのグラントライティングテクニックの根幹が書かれているページ。tadasuは毎回ここに立ち返る。 Ryohei Yasuda先生のツイート … 最近だとこのツイートが唐突すぎておもしろかった。 職探しTips by 五十嵐 … NeuoRadioにも出演された五十嵐先生のポジションを取るまでの記録。あまりにも最高すぎる資料です。 NeuroRadioのポッドキャストはじめ方まとめ researchat.fmの収録tips 高井研先生のポッドキャスト考察1 … tadasuが鬼の如く尊敬する高井先生のツイート。”「科学教育アウトリーチにおけるエフォートと効果について」ハーバード大学のピーター・ガーガスというワシの同世代のワイルド天才が笑撃的な論文を書いておる（海洋性ゴリラ経由）。おそらく最も効果的なのは、ラジオやポッドキャストで、休日の市民講演会は最も意味なしらしい（アメリカでは）。” : Peter Girguis先生のことであることはわかるがどこに書いてあるのかわからん！だれかソースちょうだい！ 高井研先生のポッドキャスト考察2 … tadasuが鬼神の如く尊敬する高井先生のツイート。”まあ日本とアメリカでは社会の科学教育アウトリーチというとらえ方が結構違うのでワシの個人的印象とはやや異なるが市民講演会が効果が低いというのはなんとなくわかる。人気のあるラジオやポッドキャストが極めて効果的というのも賛成。ただしピーターはテレビや映画に出るほどイケメソではない（笑）”高井鬼神がすすめるんだからポッドキャストは重要なんだ！重要なんだ！ 高井研先生がバイリンガルニュースに出た回 … 高井・イケメソ鬼神・研先生がバリンガルニュースに出た回。このエピソードか、爆笑問題の太田さんがラジオで触れていた時にバイリンガルニュースっていうのがあるらしいと知った記憶。このエピソードは非常にいい感じだった。Editorial notes Podcastの持続可能性に話せたのもよかったです。推しは推せるときに推そう。(Ryohei) ゲストで登場していきなり”私は今ストレスで機嫌が悪いです”という感じの悪い自己紹介をしていてどうしようもないですが、後半に行くに連れてそこそこちゃんと喋ったと思うのでお許しを… (米国移住でほんとに若干テンパってた)(Hagihara) 実は結構緊張していたのですが、終わってみれば楽しく収録できて最高でした！実験医学さんにもこの場を借りて改めてお礼申し上げます。(coela) 初めて、他のポッドキャストの方々にゲストとしてきていただいたのですが、結構しどろもどろでした。でもめちゃ楽しかったです！ありがとうございます。聴きたいなぁと思うけれども世の中にそんなメディアがない！というところがあればチャンス！自分で話しちゃいましょう！(tadasu)
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ゲストにdessan氏を迎え、反証可能性について考えたことを話し合いました。Show notes Massachusetts COVID-19 HARKing … “HARKingは社会心理学者のノーバート・カーが造語した頭字語であり、「結果が判明したあとに仮説を作る」hypothesizing after the results are knownという疑わしい研究慣行を意味する。” p-hacking ランジャタイ … dessanとtadasuはここ数年、彼らの動向を追いかけてきた。 科学技術の革新と資本主義（１） ポパー科学理論の再検討 … 小畑二郎先生の議論を参考にしました。 科学技術の革新と資本主義(2) ―イノベーションと起業家に関するオーストリア理論の検討― カール・ポパー 科学的発見の倫理 客観的知識 … なぜかこれと科学革命の構造を読めと怖い先輩に言われた。チラ見はした(tadasu) 反証可能性 PDCA … PDCA (plan–do–check–act or plan–do–check–adjust): みんなが大好きなやつ。 大澤真幸 〈世界史〉の哲学 近代篇１ 〈主体〉の誕生 フリードリヒ・ハイエク ルートヴィヒ・フォン・ミーゼス ゲンロン12 リチャード・ローティ 制度論 アートワールド アンディ・ウォーホール 科学の社会史 Keiko Torii先生のツイート … “米国ではNIHによる$1の投資が$2.15の産業利益を生むとの試算。” 元の資料も探してみたい。 開かれた社会とその敵 トーマス・クーン 科学革命の構造 ラカトシュ・イムレ デュエム=クワインのテーゼEditorial notes 今回はいろいろ大変でしたが、収録（特に後半）は楽しかったです (dessan) 熱出たんです…色々と考えてみましたが勉強になりました。科学哲学ぼちぼち勉強したい。(tadasu)
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ゲストにdessan氏とyamaken氏を迎え、2021年に観た・読んだおすすめコンテンツについて語ってもらいました。Show notes 文学少女対数学少女 アクト・オブ・キリング ジョシュア・オッペンハイマー アクト・オブ・ボディ … yamaken氏の小説！みんな買って読んでください！ “「健康な身体がほしけりゃ、人に借りればいいのに……」人の身体をレンタルして寝ているあいだも働けるようになった世界で、30代管理職の聡美は24時間働いていた。ある日、身体の交換に失敗する事故に巻き込まれた聡美は、そこで昔蒸発した彼氏に再会する。本作品は「24時間働けるようになった世界で人はより幸せになれたのか？自分の身体を脱ぐことで私たちは何をアクトしているか気づくのか？それともアクトし続けるのか？」を描いた30代男女入れ替わりSFである。” MCU ファルコン&ウィンターソルジャー ロマ音楽 ユーゴスラビア アンダーグラウンド アンダーグラウンドのサウンドトラックCD … ノリノリのジプシー音楽が楽しめます。 DMM英会話 エミール・クストリッツァ ジプシーのとき オン・ザ・ミルキー・ロード サラエボの花 ゆはる ユーゴスラビア-大国の誕生と滅亡の歴史 Chapter1 … ゆはる氏の世界史解説Youtubeチャンネル コードギアス 亡国のアキト TSUTAYA宅配レンタル 台風クラブ 相米慎二 魚影の群れ ラブホテル スクリプトドクターのサクゲキRADIO … “脚本家・映画監督・スクリプトドクターの三宅隆太が「サクゲキ＝作劇」にまつわるアレコレを語る番組です。” キャリー・フィッシャー 三幕構成 隷属への道 青い花 … 志村貴子先生の漫画。女の子と女の子が仲良くするお話 田舎 … 子供は見てはいけません。 本の雑誌社 絶景本棚 … 様々な作家の本棚の写真を集めた本。背表紙読書を楽しもう！ scrapbox 千葉雅也 ひとこわ … 本当に怖いのは人間 平山夢明Editorial notes いま2021コンテンツ ベスト25を考えています(dessan) みなさま、表紙だけでもいいんで小説アクト・オブ・ボディを買ってください。あと、遊戯○形式のコンテンツ紹介楽しかったです。(yamaken) panpanya先生回の次に出そうと思っていたのですが色々と遅れてしまってすいません。2022年もよろしくお願いします。そしてデュエリスト募集中です。(tadasu)
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Researchat.fm前年の反省と2022年の目標について3人であれこれ話しました。Show notes 曙デビュー戦は衝撃的な初回失神ＫＯ負け／復刻 (日刊スポーツ) … 2003年でした… GitHub Actions sxsradio 2021 podcasting setup Researchat.fm お便りフォーム … ぜひ2022年もお便りを宜しくお願いします。 7. ローカルとリモートに複数人のゲストがいる場合のポッドキャスト録音 (Researchat.fm Blog) Podcast Hosting the Way You Want It (Libsyn Podcast Hosting) Yattecast (Github)Editorial notes LogicPro買おうかな〜 ちなみにウェブサイトに今年から編集した人と収録日を載せるようにしてみました (soh) ぼちぼちやります (tadasu) あけましておめでとうございます、今年もよろしくおねがいします！(coela)
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Researchat.LT vol.2の振り返りを行いました。Show notes ResearchatLT vol.2 … ResearchatLT vol.2の録画はこちらからご覧になれます。 ResearchatLT vol.1 … ResearchatLT vol.1の録画はこちらからご覧になれます。 ResearchatLT vo.2の要旨 … 発表者のTwitterアカウントなどはこちらを参照してください。要旨もご覧になれます。 Researchat.fmのYouTube … 登録よろしくお願いします。 Ayaneさんのコンテンツ Interaxion Podcast … okaさんのポッドキャスト。”Interaxion [ˌɪntəˈrækʃən] は物理やテクノロジーなどについてゆるく話すポッドキャストです。” ポアニュネップリの始め方 … 君もポアニュネップリを始めよう！ 八訂 … はってい or はちてい。一瞬、席を外していた間にまさか残りの二人が漢字が読めないとは思わなかった… (tadasu) remonさんのLT発表スライドのまとめ記事 凍らない魚 Hope of Birds 〜楽曲分析エンターテイメントpodcast〜 … サイトウナヲキさんのポッドキャスト “ポッドキャスト Hope of Birds です。コントラバス奏者のサイトウナヲキが、丸の内OLのmamekoや仲間たちと気楽に楽曲分析したり雑談したりする番組です。” #ホットサンドオススメ … みんな！ホットサンドをつくってつぶやいてね！ ハーモニックドライブ Side by Side Radio … Ryota Nishizonoさんのポッドキャスト “Side by Side Radioは、元プロロード選手の西薗良太 (Ryota Nishizono) がサイクリング全般のことから、サイクリングに関係がないことまで、お話するPodcastです。中でもロードレースやシクロクロス、スポーツサイエンスのことが多いです。” sxsradio 2021 podcasting setup … “2018年6月から開始したsxsradioは2021年ついに100回に到達した。初回はまともに話すことすらうまくできておらず音声編集の技術も未熟だったために黒歴史化しているが、さすがに100回やったらそれなりにできるようになってきた。その技術の一端をここに記述したい。” NeuroRadio あいまいまいんの生物学 … まいん先生のブログ。生物の勉強に興味がある方はチェックです！ ScienTALK … レンさんのポッドキャスト “おしゃべり研究者レンと普通のOLエマによるポッドキャスト” サイエンマニア … レンさんの科学者インタビューに特化したポッドキャスト Slainte! … tadasuが最近聴いているポッドキャスト 78. You can(not) do science in one country … SHIOTAさんがゲスト出演してくださったResearchat.fmのエピソード。留学について。 雛形さんによるResearchat.fmのエピソードおすすめ … 雛形さんによるResearchat.fmのオススメエピソードに関するまとめ記事。 SpatialChat … ネット懇親会用ツール。めっちゃいいです！懇親会やりたい人はアイデアをresearchat.fmに送ってください。 Researchat.fm at Apple Podcast Researchat.fm at Google Podcast Researchat.fm at Spotify Researchat.fm at Amazon PodcastEditorial notes 参加頂いたみなさま、ありがとうございました！(soh) 最後の各賞の受賞者を決める間、間をつないでくださった皆様ありがとうございました。また次回よろしくおねがいします。(tadasu) 皆様のクオリティの高い個性的な発表が聞けて楽しかったです！！(coela)
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数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。Show notes Multiplex genomic recording of enhancer and signal transduction activity in mammalian cells … 今回紹介する論文(プレプリント) Whole-organism lineage tracing by combinatorial and cumulative genome editing. Science 2016. … Jey Shendureらのチームは世界で初めてCas9ゲノム編集を利用した細胞系譜の一斉追跡技術を開発した。 Jay Shendure (Lab website) Jay Shendure (Wikipedia) … ShendureはGeorge Church labの出身で、Solidシーケンサーの開発などを成功させた一人。 122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell … ep122では自己組織化するタンパク質を利用した細胞内情報のレコーディング技術について紹介しました。 31. Editing the unedited … CRISPR-Cas9を用いた全く新しいゲノム編集技術Prime editing (PE)についての原著論文を紹介した回。今回の論文のコア技術となっています。 71. Data Doesn’t Speak for Itself … サイレンサー配列のスクリーニングについての論文を紹介した回。 TATA box (Wikipedia) … 真核生物においてはTATA配列は、プロモーター配列として機能し転写開始点となる。Editorial notes 収録は年末でした。2022年のresearchat.fmも宜しくお願いします。(soh) レコーディング熱い。(tadasu)
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自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。Show notes Linghu et al., BioRxiv (2021) … “Recording of cellular physiological histories along optically readable self-assembling protein chains” Lin et al., BioRxiv (2021) … “Time-tagged ticker tapes for intracellular recordings” 02138, 02139, 02115 … アメリカのZip code、すなわち日本の郵便番号。これを知っていると論文と研究の地理感がよりよくわかる。02138はHarvard University、02139はMIT、02115はHarvard Medical School Ed Boyden Karl Deisseroth … Optogeneticsの開発者。Ed BoydenとCRISPRを用いたgenome editingで有名なFeng ZhangはKarlのラボ出身。 optogenetics Fei Chen … Ed BoydenラボでExpasion microscopyを開発。今ゴリゴリの若手。 Expansion microscopy (Science 2015) … Fei ChenとEd BoydenのExpansion microscopy論文 清華大学 … 中国の最強大学の一つ。 Linghu et al., Cell 2020 … “Spatial Multiplexing of Fluorescent Reporters for Imaging Signaling Network Dynamics“: Linghuの一つ前の論文。こちらも自己組織化するタンパク質を用いた細胞内レコーディング、通称signaling reporter islands (SiRIs)の開発論文 Adam Cohen … こーへんじゃなくて普通にかんがえてコーエンですよね… Luke Lavis … 化学のバックグラウンドを生かした、蛍光dyeの開発をもりもり行っている。 David Baker … タンパク質デザインの巨匠 Baskaran et al., Nature Communications (2015) … “An in cellulo-derived structure of PAK4 in complex with its inhibitor Inka1”: iPAK4の元になった論文。オリジナルの論文ではiPAK4という名前は使われていない。すでに如意棒感があるフィギュアがちらほら。 Zamft et al., PloS One (2012) … “Measuring Cation Dependent DNA Polymerase Fidelity Landscapes by Deep Sequencing”: DNA polymeraseの特性を活かした細胞内レコーディングの論文。Ed Boyden + George ChurchEditorial notes このアイデアの行く末を見守ります。(soh) 面白い発想の論文はいいですね。(tadasu)
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panpanya先生の作品について話しました。(w/ dessan, yamaken)Show notes panpanya 模型の町へ …panpanya先生の短編。現在無料公開中です。ぜひ気になる方はお読みください。 足摺り水族館 (panpanya) … dessanのおすすめ作品 蟹に誘われて (panpanya) … tadasuのおすすめ作品 枕魚 (panpanya) … yamaken氏のおすすめ作品 動物たち (panpanya) … tadasuのおすすめ作品 二匹目の金魚 (panpanya) … tadasuのおすすめ作品 最初のメロディをまず読んでください。 グヤバノ・ホリデー (panpanya) … yamaken氏おすすめの「比較鳩学入門」収録作品 おむすびの転がる町 (panpanya) … tadasuは買いそびれていたので買いました。 魚社会 (panpanya) … 最新作。とてもいい話がびっちりなのでpanpanya道への入門には最適。 researchatLT vol.1 … この懇親会でpanpanyaを知ることができました。ありがとうございます。 魔術的リアリズム ガブリエル・ガルシア＝マルケス ホルヘ・ルイス・ボルヘス 百年の孤独 フリオ・コルタサル 悪魔の涎 南部高速道路 … フリオ・コルタサルの作品 大王 (黒田硫黄) … 黒田硫黄先生の魔術的リアリズムを感じられる漫画。dessanの推薦作品。 ガロ つげ義春 佐々木マキ ねむいねむいねずみ panpanya先生のブロック塀への愛 魔の四角形 新宿駅ダンジョン 梅田駅 なんば駅 … 梅田駅と混同していました。これは怒られる… 渋谷駅と新宿駅を間違うようなものじゃないですか。なんば駅も大概なんでしたっけ？大阪の地理はいまだによくわからない。大阪の屋台の巣はどこだったんだろう。梅田から電車でそこまで遠くなかったと記憶しております。 横浜駅 … 工事が長いだけで大した駅ではないことについては住民にはアグリーしてもらえると思う。以前、最寄駅として使っていたことがある身としてはあまり面白い駅ではない。 横浜駅SF 宮田珠己 四次元温泉日記 探偵!ナイトスクープ ナットはどこにいった。 楽園 岩波データサイエンス Vol.6 … 【その他】掌編小説(円城塔)計算機で作るナンプレ(とん)掌編漫画(panpanya)Editorial notes 朝イチ収録で最初のほう頭が回ってない感がある。(dessan) 初めてポッドキャストでお話しました。とても楽しかったです。あんまり自己紹介しませんでしたがバイオインフォマティクスのお仕事している者です。(yamaken) みんな、panpanya先生の漫画をよんでpanpanyaみの話をみんなでしようよ！tmk先輩は外国育ちだからpanpanya読んでもピンとこないかもね。(tadasu)
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白土三平先生から学んだこと、ポッドキャストの略称、ポ絵描きとポッカソン/ドカ撮り部、論文ビブリオバトルの構想について話しました。Show notes 白土三平 カムイ伝 カムイ外伝 忍者武芸帳 ワタリ サスケ ガロ 変移抜刀霞斬り 飯綱落とし 木耳 … キクラゲ 山田風太郎 魔界転生 … まかい”てんしょう”です。流れで間違えました。 カムイ外伝大四話 ムササビ … “術者は己の秘術を編み出した時、その術を破る方法も考えるものだ。” 十文字霞崩し … 敵を知り己を知れば百戦殆からず るろうに剣心 弧刀影裡流居合術 … “弧刀影裡流居合術（ことえりりゅういあいじゅつ）は、九州出身の野瀬庄五郎が西南戦争に従軍した経験から編み出した居合術。” こんなかっこええのないよ。 椿三十郎 … 本当に最後のシーン見て欲しい。というか用心棒から見て欲しい。 ポッドキャストの略称に関するアンケート ポッ拳 ストクロ ポッドキャストお絵かき/podcastお絵かき ポ絵かき … ポッドキャストお絵かきの略称 ハッカソン ResearchatLT vol.1 … vol.2も開催予定です。 人狼ゲーム ビブリオバトル 活動弁士 晋平太 R-指定 剣道と期待値 … tds少年は小学生のころ、剣道において、技のリスクリターン、相手の技の出現頻度、相手の受けパターンの分析、試合開始後は安全に行きたいために固定技になる確率が高い、相手が練習していないところだけで勝負する、博打技の期待値、試合時間をわざと使い切って焦らせる、審判へのアピール、ルールブックを隅から隅まで読む、試合前に相手に話しかけて心理戦に持ち込む、読唇術をつかって相手の試合前のミーティングを諜報する etc… と、如何に攻略して楽に勝つかばかり考えていたので、カムイの言葉は色々と響いたのだった。というかもうちょっというと、ちばてつや先生のおれは鉄平の影響が大きすぎる…いつもあんた、へらこいのぉ、と言われていた… ドロップ … ドロップっていうとTHEE MICHELLE GUN ELEPHANTのドロップを思い出す。いい曲だよね。Editorial notes 術者は己の秘術を編み出した時、その術を破る方法も考えるものだ。(tadasu) 格ゲーにおける飯綱落としについてはもっと語りたかったのですが自重しました。(coela)
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中華料理屋で耳にした謎の単語、ポケモンカードを始めた初心者の感想、垂金権造という男について話しました。Show notes 純ジャパ 芋煮会 ガンダラ汁 … 寒鱈汁だし、いいたかったのはドンガラ汁。またエセ山形人と怒られる… 山形弁検定 庄内弁検定 讃岐弁検定 ポケモン … ポケットモンスター ポケモンカード … ポケカの話したのに、遊戯王ばっかりshownotesに貼ってごめんなさいね。ごめんね〜。 『能町みね子のときめきサッカーうどんサポーター』、略して 能サポ … 能町みね子氏のエッセイ。丸亀市の商店街でもくもくとカードゲームに興じる人たちの記述がある。私もその光景を実際に見たことがあるが異様だった。 遊戯王の例の動画 … カードゲームとはこういうものだ！ 遊戯王 Magic: The Gathering … 憧れのカードゲーム マジック&ウィザーズ … 遊戯王のカードゲームは初期、こう呼ばれていました。今はデュエルモンスターズ。 カードダス … 昔あったガチャポンのカード版 遊戯王のアニメ … tadasuは初期アニメの方が好き。「渇いた叫び」と「明日もし君が壊れても」は最高だYO! ブルーアイズホワイトドラゴン … wikipediaがあるぐらいには有名。 スイスドロー 早稲田式 … こちらも覚えておくといいことがあるぞ！ 遊戯王がもうけた話 ダンジョンズ・アンド・ドラゴンズ … 遊戯王の御伽くんとやってたゲームの元っぽいゲーム。 うどん県とヤドン 等身大ルカリオ カラカラとガルーラ … 有名な都市伝説 パルシェンとヤドラン … こっちは公式だったか… 飯食わぬ女房と菖蒲 … 二口女と菖蒲の魔除け ミュウ … 1996年はtadasuの人生の中でもっとも濃い一年の一つになった。 けつばん … 懐かしい。 恒大集団の負債額 リーマンブラザーズの負債額 垂金権造と国家予算 幽遊白書 垂金権造 … 日本のイーロンマスク。いや、どちらかというと左京がイーロンマスクだろ… Satoshi Nakamoto … Bitcoin作った人。何回話すんだろう… 田尻智 宮本茂 ピカチュウがなぜ選ばれたのか … アンケートで選ばれたのかと思っていたがそれが直接の理由ではなかったのか… 通信ケーブル) … ボンバーマンじゃなかった… 田尻智さんとゼビウス パックマンランドで捕まえて … 「ゲーマー」田尻智さんの青春エッセイ ゲームフリーク … 最初は自主攻略本 新ゲームデザイン―TVゲーム制作のための発想法 … ポケモン前夜の田尻智さんの著作。読みたすぎて読みたすぎて。持っている人教えてください。Editorial notes さすがに今回は反省しております。(tadasu) さすがに今回は反省しております。(偽coela)
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